1994년 3월 아주대학교 의과대학 부속병원이 준공되어 6월부터 진료를 개시하였으며, 이듬해 3차진료기관으로 지정되었다. 2000년 경기 남부권역의 응급의료센터, 2002년 표본감시의료기관으로 지정된데 이어 2004년에는 세계보건기구(WHO)가 공인하는 안전도시 지원센터로 지정되었다. 2006년 개방병원 운영기관으로 승인받았다. 임상 성과로는 1995년 국내 최초로 무릎연골 이식수술에 성공하였고, 1996년 세계 최초로 유문부에 인공도관을 삽관하는 기술을 개발하였으며, 1998년 세계 최초로 관상동맥 혈류속도에 따른 측정평가 방법을 개발하였다. 2007년 국내 최초로 간이식 수술로 혈우병과 간암을 동시에 치료하고, 혈액형이 다른 간이식 수술도 성공하였다.
최근 중증외상환자 진료방해, 진료거부, 진료기록부 조작 등의 논란을 일으킨 아주대병원은 사실관계 확인을 위한 현장조사를 받았다. 조사 내용은 아주대병원의 조직적인 외상환자 진료방해로 인한 경기남부권역외상센터의 일시폐쇄(바이패스) 발생 및 당시 응급환자 진료 거부 여부, 아주대병원 외상전용 수술실 임의사용 의혹 및 진료기록부 조작 여부 등 이다. 경기남부권역외상센터와 '중증외상환자 이송체계 구축' 협약을 체결하고 지난해 전국 최초로 24시간 운영되는 응급의료전용 '닥터헬기'를 도입하는 등 중증외상 사망률 감소를 위해 노력온 경기도는 "이번 조사도 마찬가지로 도민 생명 보호를 위한 것으로 최근 제기된 의혹들이 사실인지 철저히 조사해 위반사항이 있다면 시정토록 할 것"이라고 발표했다. 조사는 의료법 제61조에 따라 관계 공무원을 통해 의료법 위반여부에 대한 사실관계를 조사하는 것으로 조사 후 결과에 따라 필요한 법적 조치를 받을 예정이다.