2000년 9월 지금의 명칭인 (주)씨젠으로 설립하였고, 9월 생명과학연구소를 설립했다. 2006년 3월 유전자 검사기관 및 유전자 유관기관으로 등록했고, 4월에 GeneFishing 제품이 NEP(신제품인증)를, 7월에는 DPO기술이 NET(신기술인증)를 획득했다.

2007년 3월 기술혁신형 중소기업(INNO-BIZ)으로 선정되었으며, 2008년 11월에 미국 Frost & Sullivan 의료혁신상을, 2009년 8월에는 대한민국 보건산업대상을 수상했다. 2009년 0월 READ (Real Amplicon Detection)기술을 개발했고, 2010년 5월 장영실상을 수상했다. 2010년 9월 코스닥시장에 상장하였으며, 2011년 7월 TOCE 기술을 개발했고, 2012년 1월 벤처기업에 재지정되었다.

주요사업은 성감염증 원인균 검사제품, 호흡기성 병원체 검사제품, HPV 검사제품 등 유전자 (DNA 및 RNA) 분석을 통하여 질병의 원인을 감별하는 분자진단 시약을 개발, 제조 및 공급하고 있다.  

코로나 바이러스가 유행하면서 씨젠은 1주에 10만개의 테스트 물량 생산에서 최근 수출이 증가해 30만 테스트까지 늘려 생산하고 있다. 

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