메디톡스는 2000년 5월에 (주)앤디소스로 설립한 뒤 7월에 지금의 상호로 변경하였다. 2001년 7월 부설 미생물독소연구소를 설립하였으며, 2002년 7월 보건복지부로부터 신약(보툴리눔 독소 B형 생물학적제제) 개발 사업자로 선정되고 12월에 오창공장을 준공하였다. 2004년 오창공장의 KGMP(한국우수의약품 제조관리기준) 적격업체 승인과 메디톡신 제품의 수출 허가를 획득하였으며, 2006년 12월 산업자원부의 세계일류상품으로 선정되었다. 2007년 2월 서울사무소를 개설하고 8월에 오창 신공장을 준공하였으며, 2008년 8월 수출유망중소기업으로 지정되었다. 2009년 1월 코스닥에 상장하였고, 2011년 우수기술연구센터(ATC)로 선정되었다. 2012년에는 서울 지점을 개설하고 혁신형 제약기업으로 선정되었으며, 2013년 3월 (주)메디톡스코리아를 설립하였다.
과거 무허가 원액을 사용한 혐의를 받는 국산 보톡스 제품 1호 '메디톡신'이 시장에서 퇴출됐다. 메디톡신은 근육경직 치료, 주름개선 등에 사용되는 일명 '보톡스' 제품으로 지난 2006년 3월 국산 제품 1호로 처음 허가를 받아 출시됐다. 메디톡스는 메디톡신주 등을 생산하면서 2012년부터 2015년까지 지속·반복적으로 원액을 바꿔치기하고 원액 및 제품의 시험성적서 등을 고의로 조작하는 약사법 위반행위한 것으로 나타났다. 제조·품질관리 서류를 허위로 조작한 메디톡스는 '메디톡신주' 등 3개 품목 허가 취소, '이노톡스주'는 제조업무정지 3개월에 갈음하는 과징금 1억7460만원을 받았다.